L'especial fisonomia del terme ha afavorit la seva integritat com a senyoriu independent. Històricament, però, cal concebre'l com el terme del castell i poble de Carles que, en definitiva, era el que n'exercia la titularitat. Aquest castell, bastit en època àrab, ja n'administrava el terme. En el repartiment subsegüent a la conquesta cristiana, aquest lot, extens però apartat de l'eix fluvial, va ser concedit al noble Pere de Sentmenat. El llinatge dels Sentmenat, estretament lligat a Tortosa, va mantenir la baronia de Carles fins el segle XV, en què fou venuda al municipi de Tortosa.

Una greu epidèmia, l'any 1480, va obligar a l'abandonament de la població, que es va refugiar al petit nucli proper d'Alfara. En aquell moment, era Alfara i no pas Carles la població d'aquest terme. L'hegemonia d'Alfara, a partir d'aquell esdeveniment, Alfara de Carles, s'inicia al segle XVI, època de la qual data, probablement, la primitiva església par- roquial. Per la seva banda, Carles va restar com un despoblat, del qual avui només resten dempeus el castell i l'ermita de Sant Julià.

L'abundància de fonts i braços d'aigua ha significat l'aprofitament hidràulic per a una petita indústria a base de molins de farina a partir del segle XVIII. També entre 1780 i 1805 es va construir una fàbrica de vidre a les rodalies del Toscar. Al segle XIX també s'impulsaren fàbri- ques de paper i de teixits.

Origen del topònim
D'origen àrab, significa probablement poblet.